Настъплението на нигерийският вариант на SARS-CoV-2
Нигерийският вариант на SARS-CoV-2, наречен B.1.525, който бе регистриран в средата на декември в Нигерия, вече е открит в повече от 400 случая по света. Това задълбочава несигурността за бъдещето на пандемията и способността на човечеството да контролира Covid-19 и кара учените внимателно да следят неговото развитие.

Случайните вариации са важен компонент в съществуването на всички живи същества и основа за разнообразието на видовете. Вирусите не са изключение. Те непрекъснато търпят промени в геномите си, за да се адаптират към околната среда. Сега, в условията на пандемия, когато вирусите се радват на внимание от страна на биолози, медици и обикновени хора, промените в генома на SARS-CoV-2, са особена прицелна точка.
Ковид вълната, която ни залива сега, в 90% от случаите показва, че причинител е т.н. британски вариант – B.1.1.7, открит за първи път в края на декември 2020 г, във Великобритания, а по-късно в Дания. Понастоящем B.1.1.7 се регистрира във всички страни по света.
В тази епидемична обстановка регистрираният нов вариант на SARS-CoV-2 – B.1.525 – нигерийски вариант – задълбочава още повече нашата несигурност по отношение хода и овладяването на пандемият, в това число и ефективността на ваксините, като значителна част в тази борба.
Нигерийският вариант – B.1.525, е открит за първи път чрез секвениране на генома в средата на декември в Нигерия, но бързо се разпространява и в други страни. Нигерийският център за контрол на заболяванията (NCDC), на 19 февруари 2021 г., съобщава, че първият открит геном B1525 е изолиран от проба, взета на 23 ноември 2020 г. от пациент в щат Лагос, но пробата не е била актуализирана веднага в базата данни. Към 20 февруари нигерийският вариант е открит в случаи в Дания (121), Великобритания (73), Германия (26), Франция, общо 24 държави. Само след два месеца B.1.525 представлява над 20% от геномите, секвенирани в Нигерия. Той е открит в близо 400 случая в световен мащаб, а съвсем наскоро и в Словения.
Колко сериозен е проблемът, ще зависи от това колко различни варианти съществуват, колко се различават един от друг, доколко са способни да реинфектират хората и да издържат на настоящите и бъдещите ваксини.

SARS-CoV-2, вирусните мутации, новите варианти и ваксините – какво трябва да знаем
Учените следят внимателно този вариант, тъй като той има няколко мутации в гена, който прави шиповия протеин – частта от вируса, която се закрепва върху човешките клетки и дава възможност на SARS-CoV-2 да нахлуе в тях.
Нигерийските изолати носят мутации, които отразяват тези, наблюдавани в предишни версии, но и някои уникални за тяхната структура.
За мутацията B.1.525 се смята, че може да увеличи трансмисивността, вирулентността и избягването на имунитета. Заместванията на аминокиселини Q52R и A67V са разположени в N-крайния домейн на протеина на шип, както и делеции в позиции 69-70 и 144. Двуточковите мутации са уникални за B.1.525. И двете заличавания са характерни за британски B.1.1.7. Намерено е и заличаване от 69-70 в няколко естествени варианта. На N-терминалния домейн все още не е присвоена конкретна функция.

Дори множествените мутации в този регион не са вредни за предаване, репликация или вирулентност. Но N-терминалният домен е силно антигенен и основният ефект на мутациите в тази област вероятно е избягването от неутрализацията на вируса.
Сред точковите мутации и делеции в шиповидния протеин B.1.525 носи няколко варианта на SARS-CoV-2, които са повсеместни днес. D614G предлага подобрена пропускливост и присъства в почти всички варианти на SARS-CoV-2 на този етап. Мутацията E484K присъства и в южноафрикански и бразилски щамове. Аминокиселината 484 се намира в мотива на свързването на рецептора. Промяната в E484K осигурява приблизително трикратна резистентност към няколко Covid ваксини и десетократна резистентност към повечето антитела в реконвалесцентите.
Заместването на аминокиселини в позиция 677 (Q677H) е идентично със заместването, намерено във варианти, описани наскоро в Съединените щати. Тези мутации се появяват в S1 частта на протеина, разположен далеч от рецепторния свързващ домен. Подобно на мутацията D614G (също присъстваща в нигерийския вариант), промяната в позиция 677 може да увеличи стабилността на асоциацията S1-S2 и по този начин да увеличи предаваемостта. 677 мутации могат също да насърчат отворено, а не затворено конюгиране на рецептор-свързващия домен.
Нигерийският вариант NB.1.525 е богат и на мутации в региони на генома, които определят протеини, различни от тези на шип протеина. Три от тях се намират в гените, изграждащи масивния репликационен комплекс, включително три в Orf1a NSP3: (T1189I), NSP6: (делеция на три аминокиселини 106-108) и една в Orf1b NSP12: (P323F) – основната РНК-зависима РНК-полимераза.

Четири други мутации се срещат в гени, които определят вирусните структурни протеини
E: (l21F), M: (I82 F) и N: (A12G) и (T208I). По-специално, повечето от тези мутации се срещат в трансмембранните протеини NSP6, E, M и че N протеинът е силно антигенен при хора, заразени с SARS-CoV-2. Всички тези мутации могат да насърчат избягагването на неутрализирането на вируса от антителата. Останалите варианти в orf1a могат да повишат ефективността на репликация, да избегнат имунитета или и двете.

Едновременно два варианта на SARS-CoV-2 – последствията от заразяването
Тази опция продължава тенденцията, която наблюдаваме през последните няколко месеца. С нарастването на усилията за секвениране на генома се откриват все повече и повече нови възможности. С всеки нов вариант в структурата му се въвеждат все по-фини мутации, които допринасят за неговото разпространение. Няколко мутации и варианти, които се разпространяват в този момент, осигуряват резистентност към ваксините.
Опасявам се от отслабване на мерките за обществено здраве поради разпространението на ваксината и скорошния спад в броя на случаите на Covid-19. Ясно е, че обикновеният човек се смята за безопасен след ваксинация. Антителата обаче не траят вечно и ако новите варианти са имуноустойчиви, те може дори да не са напълно ефективни.
С всеки нов вариант получаваме по-голяма представа за многобройните начини, по които SARS-CoV-2 се адаптира към нас, неговия домакин. Те включват: Те включват:
– Повишена авидност на вируса към рецептора;
– Повишена пропускливост;
– Избягване както на нова, така и на съществуваща имунна защита;
– Повишаване на репликационната компетентност;
– Увеличена продължителност на продуктивната виремия.

Сянката на живота: Хипотези за произхода на вирусите
В този контекст новооткритият нигерийски вариант B.1.525. е носител на мутации, които не се различават много от наблюдаваните предишни варианти, но в структурата си има и някои уникални мутации, които за съжаление го правят по-опасен за нас.
„Опасявам се от облекчаване на мерките в отговор на разпространението на ваксините и скорошното намаляване на случаите на Covid-19. Разбираемо е, че обикновеният човек се смята за по-защитен, след като получи ваксината си. Антителата обаче не траят вечно и ако новите варианти са имуноустойчиви, те дори може да не са напълно ефективни“, коментира Уилям Хаселтин (William Haseltine), професор в Харвардското медицинско училище и Харвардското училище за обществено здраве.
––––––––––––––––––
A New Covid-19 Variant From Nigeria Raises Increased Concerns For Containment And Vaccination, William A. Haseltine
New coronavirus variant: here is what scientists know about B1525, Sharon Peacock, The Conversation
3 Отговори
[…] Настъплението на нигерийският вариант на SARS-CoV-2 […]
[…] Настъплението на нигерийският вариант на SARS-CoV-2 […]
[…] Настъплението на нигерийският вариант на SARS-CoV-2 […]