Които мутации правят нигерийският вариант на SARS-CoV-2 по-опасен

Вариантът на SARS-CoV-2, наречен B1525, се превърна в едно от най-новите допълнения в глобалния списък за наблюдение на коронавирусните мутации, разследвани от Общественото здравеопазване във Великобритания (Public Health England). Това твърди статия в The convesation.

Учените наблюдават внимателно този вариант, поради наличието на няколко негови мутации в гена, отговорен за шип протеина – частта, с която вирусът се захваща към човешките клетки. Тези промени включват наличието на мутацията E484K, която позволява на вируса частично да избегне имунната система и се среща във варианти, идентифицирани за първи път в Южна Африка (B1351) и Бразилия (P1).

Въпреки че няма информация за това какво означава това за B1525, има все повече доказателства, че E484K може да повлияе на ефективността на ваксините COVID. Но засега няма предположение, че B1525 е по-заразен или че води до по-тежки заболявания.

Друга важна мутация в B1525 е Q677H. Учените са откривали тази промяна на няколко пъти – най-малко шест пъти в различни линии в Съединените щати – предполагайки, че тя дава някакво преимущество на вируса, но не е установено точно какво.

Вариантът B1525 също има няколко делеции – в тях „буквите“ (G, U, A и C) на вирусната РНК отсъстват от нейния геном. Тези букви липсват и в B117, вариант, открит за първи път в Кент, Англия. Изследванията на Равиндра Гупта, клиничен микробиолог от университета в Кеймбридж, показват, че тези заличавания могат да удвоят инфекциозността при лабораторни експерименти.

За мутацията B.1.525 се смята, че може да увеличи трансмисивността, вирулентността и избягването на имунитета. Заместванията на аминокиселини Q52R и A67V са разположени в N-крайния домейн на протеина на шип, както и делеции в позиции 69-70 и 144. Двуточковите мутации са уникални за B.1.525. И двете заличавания са характерни за британски B.1.1.7. Намерено е и заличаване от 69-70 в няколко естествени варианта. На N-терминалния домейн все още не е присвоена конкретна функция.

B1525 е открит съвсем наскоро. Най-ранният образец в глобална база данни за коронавирусни геноми, наречена Gisaid, датира от 15 декември 2020 г. Открит е при мъж от Великобритания. И както много други варианти, вече обикаля по света, преди да привлече вниманието на всички. Общо 204 последователности от този вариант в Gisaid могат да бъдат проследени в 18 страни към 20 февруари 2021 г.

Две държави (Дания и Обединеното кралство) представляват повече от половината от случаите, но тези две страни също правят последователност на голям брой коронавирусни геноми.

Други страни, които са внесли поне един геном от този вариант в онлайн базата данни, са Нигерия, САЩ, Франция, Канада, Гана, Австралия, Япония, Италия, Холандия, Йордания, Сингапур, Финландия, Швейцария, Майот, Белгия и Испания.

^{Схематична карта, показваща датата на първата дата на установеното чрез секвениране наличие на B.1.525 във всяка държава. По-тъмните страни имат по-ранни дати.}

Ирландия съобщи за първия си случай на B1525 на 25 февруари.

Общо 31 генома B1525 са представени на Gisaid от Нигерия. Изявлението на Нигерийския център за контрол на заболяванията (NCDC) от 19 февруари 2021 г. относно варианти на коронавирус съобщава, че първият открит геном B1525 е взет от проба, взета на 23 ноември 2020 г. от пациент в щат Лагос, но пробата не е била актуализирана веднага в базата данни, следователно британският дизайн е първият регистриран. Досега този вариант е идентифициран сред случаите в пет щата на Нигерия. Случаи на B1525 са регистрирани и в други страни при пътници от Нигерия. Така че мутацията може да се е появила за първи път в Нигерия.

Информацията за това дали даден вариант е често срещан сред населението е полезно за общественото здраве и вземането на политически решения в дадена държава. Но тъй като развитието на коронавируса се случва по целия свят, по-добре е да не се свързва неговият вариант с държава, за да се избегне стигмата.

Друг начин за определяне на честотата на конкретните варианти е да се определи колко често те се появяват в сравнение с други варианти в обращение по едно и също време. Разглеждайки честотата на B1525 последователностите, открити след откриването на първия случай на този вариант в тази страна, се появява различен честотен модел.

В Дания към 20 февруари 2021 г. на B1525 се падат 59 от 12 222 последователности; във Великобритания 57 от 100 063 последователности; и в Нигерия, 31 от 144 последователности. Това предполага, че тази опция вероятно е доста разпространена в Нигерия, но рядка в Дания и Великобритания. Липсата на данни за последователността може да замъгли честотата в други страни. Такива изчисления обаче могат да бъдат предубедени, ако е по-вероятно вирусите, изолирани от пътници, да бъдат секвенирани.

С всеки нов вариант получаваме по-голяма представа за многобройните начини, по които SARS-CoV-2 се адаптира към нас, неговия домакин. Те включват:

1. Повишаване на агресивността на вируса към AC2 рецептора;
2. Увеличаване на предаваемостта;
3. Избягване както на нова, така и на съществуваща имунна защита;
4. Повишаване на способността за репликация;
5. Увеличение на продължителността на продуктивната виремия (състояние на организма, при което вируси влизат в кръвта и оттам имат достъп до останалата част на тялото).

Който и метод да изберем за измерване на честотата на B1525, той остава рядък вариант в момента. Но той се присъединява към нарастващия списък на вариантите на коронавирус, които трябва да бъдат подробно изследвани в лабораторията и при заразените хора, за да видим дали трябва да се тревожим за този вариант и ако да, къде се намира на класацията на вариантите.

––––––––––––––––––––––

New coronavirus variant: here is what scientists know about B1525, Sharon Peacock, The Conversation

A New Covid-19 Variant From Nigeria Raises Increased Concerns For Containment And Vaccination, William A. Haseltine

B.1.525, cov-lineages.org

Настъплението на нигерийският вариант на SARS-CoV-2