„Ген в гена“ в SARS-CoV-2 откриха учените

„Ген в гена“ в SARS-CoV-2. Информация за изследване, публикувано в Science съобщава за изненадващо откритие – новооткрит ген в генетичния код на коронавируса SARS-CoV-2 – сегмент, практически скрит в генома на вируса и до голяма степен пренебрегван досега.

Новоидентифицираният ген, наречен ORF3d, е пример за т.н. припокриващ се ген, или „ген в гена“, който ефективно е скрит в поредица от нуклеотиди, поради начина, по който припокрива кодираните последователности на други гени.

„По отношение на размера на генома SARS-CoV-2 и неговите роднини са сред най-дългите съществуващи РНК вируси“, пояснява Чейс Нелсън,(Chase Nelson), биоинформатик от Американския природонаучен музей.

„Заради това те са може би по-склонни към „геномни измами“, отколкото други РНК вируси.“

Вирусите проявяват склонност да вместват припокриващи се гени, така че това не е шокиращо откритие. Дали ORF3d наистина представлява геномен трик, предстои да разберем, но във всеки случай със сигурност е трудно да се види.

Припокриващите се гени са трудни за идентифициране в генетичните секвенции, тъй като системите за геномно сканиране често могат да ги пропуснат, когато преминават през низове от генетичен код – програмирани да откриват отделни гени, но не е задължително да забелязват припокриващите се инструкции, споделени между нуклеотидите на съседни гени в секвенцията.

В контекста на вируси като SARS-CoV-2, това може да доведе до сериозно сляпо петно. От началото на тази година учените се надпреварват да разберат възможно най-много за този опустошителен вирус и докато някои аспекти на генетичния му състав са изяснени (включително твърдият консенсус, че той не е „направен в лаборатория“ ), остават още неизвестни.

„Липсата на припокриващи се гени ни поставя в опасност да пренебрегваме важни аспекти на вирусната биология“, коментира Нелсън.

„Припокриващите се гени може да са един от арсенала начини, по които коронавирусите са еволюирали, за да се репликират ефективно, да преодолеят имунитета на гостоприемника или да се разпространят“.

Саамият ORF3d, предстои още много да се научи защо е там, скрит в генома и пресичащ други гени.

Сканирайки геномни бази данни, изследователите установиха, че генът е идентифициран и преди, но само в един вариант на коронавирус, който засяга панголини (намерен в Гуангси, Китай).

Преди това също е бил погрешно класифициран като гена ORF3b – който присъства в други коронавируси, включително SARS-CoV – но всъщност те не са едно и също нещо.

„Двата гена не са свързани и кодират напълно различни протеини“, отбелязва Нелсън. „Това означава, че знанията за ORF3b в SARS-CoV не трябва да се прилагат за ORF3d в SARS-CoV-2“.

Това, което се знае за мистериозния ген, на базата на предишно проучване на кръвта на пациенти с COVID-19, е, че ORF3d предизвиква силен отговор на антитела.

Що се отнася до това дали Т-клетките също ще бъдат задействани – или какви други вирусни цели може да има припокриващият се ORF3d – все още сме на тъмно. Може да е относително доброкачествено. Може да не е така.

„Все още не знаем неговата функция или дали има клинично значение“, подчертава Нелсън.

„Но предвиждаме, че този ген е сравнително малко вероятно да бъде открит с помощта на Т-клетъчен отговор, за разлика от отговора на антителата. И може би това има нещо общо с начина, по който генът е могъл да възникне“.

Едно нещо е сигурно. При вирус, който има само около 15 известни гена, откриването на друг – камо ли припокриващ се ген – е значителен напредък. Доколко е важен – предстои да се разбере.

Източник: Scientists Just Found a Mysteriously Hidden ‘Gene Within a Gene’ in SARS-CoV-2, ScienceAlert