Новите варианти на SARS-CoV-2 подклаждат пандемията

Последователността на генома на хиляди проби от SARS-CoV-2 показва, че скоковете в случаите на COVID-19 са причинени от нови варианти на коронавируса. Това показват резултатите от ново проучване на Калифорнийския университет по ветеринарна медицина в Дейвис, публикувано в Scientific Reports.

„С появата на варианти ще се получат повече огнища“, каза Барт Уаймър, професор по обществено здраве и репродукция в Калифорнийския университет по ветеринарна медицина в Дейвис. Сливането на класическата епидемиология с геномиката предоставя наорганите на общественото здраве инструмент, който може да се използва за прогнозиране на развитието на пандемии, било то коронавирус, грип или някакъв нововъзникващ патоген.

Въпреки факта, че SARS-CoV-2 има само 15 гена, той постоянно мутира. Повечето от тези промени правят малка разлика, но понякога вирусът става повече или по-малко трансмисивен.

Weimer и студентът DJ Darwin R. Bandoy първоначално анализираха геномите на 150 щама SARS-CoV-2, най-вече от огнища в Азия преди 1 март 2020 г., както и информация за епидемиологията и предаването на тези огнища. Те класифицираха огнищата на етапи: индекс (без огнище), покачване, експоненциално покачване и спадане. Леснотата на предаване на вирус се определя от стойността на R или репродуктивното число, където R е средният брой нови инфекции, причинени от всеки заразен човек.

Те обединиха цялата тази информация в метрика, наречена GENI, за да идентифицират генома на патогена. Сравнението на резултатите от GENI с епидемичната фаза показа, че нарастването на генетичната изменчивост непосредствено предшества експоненциално увеличение на случаите, например в Южна Корея в края на февруари. В Сингапур обаче скоковете в вариациите бяха свързани с малки огнища, които органите на общественото здравеопазване успяха бързо да поставят под контрол.

След това Weimer и Bandoy изследват 20 000 вирусни последователности на SARS-CoV-2, събрани от февруари до април 2020 г. в Обединеното кралство, и ги сравняват с данните за случая.

Те установяват, че стойността на вариацията на GENI нараства непрекъснато с увеличаването на броя на случаите. Когато британското правителство наложи национална изолация в края на март, броят на новите случаи се стабилизира, но оценката на GENI продължи да нараства. Това показва, че мерки като забрани за събиране, забрана за камуфлаж и социално дистанциране са ефективни при контролирането на разпространението на болестта в лицето на бързото развитие на вируса.

Също така би могло да помогне за обяснението на събитията от „суперпредседателството“, при които голям брой хора се заразяват при един инцидент, когато предпазните мерки се разхлабят.

Ваймер изрази надежда, че органите на общественото здравеопазване ще възприемат подход за измерване на вариабилността на вируса и свързването му с местната скорост на предаване, R.

„По този начин можете да получите много рано предупреждение за предстояща епидемия“, каза той. „Ето рецепта как да го направите.“